הדיון בעתירה הביא לעדכון נוהל פנימי בשב"כ הנוגע לסמכויות החקירה והאכיפה המוקנות לשירות הביטחון הכללי בעניין חקירת אירועים הנופלים "לתחום האפור" בין חקירות הנמצאות בסמכות המשטרה לאלו הנמצאות בסמכות השב"כ. מדובר בנוהל חסוי שהוצג לעיונו של ביהמ"ש ופרפרזה שלו צוטטה בפסה"ד. לעמדת בג"ץ הנוהל המעודכן כולל אמות מידה אשר יש בהן מענה מספק לחששות עליהם מצביעה העותרת. לפיכך העתירה נדחתה תוך חיוב המשיבים בהוצאות לטובת העותרת.
מכיוון שפתיחה בחקירה על ידי השב"כ כרוכה בפגיעה בחירויות יסוד, ראוי כי הפעלת שיקול דעת בחקירת אירועים הנופלים "לתחום האפור" תיעשה לפי אמות מידה סדורות.