בית המשפט העליון ביסס את החלטתו המאשר את ההפרדה המגדרית על כך שמרבית התלמידים הלומדים במסלולים הנפרדים בוחרים בכך מרצונם החופשי וכן בקיומם של חלופות המאפשרות לחלק מהתלמידים (בני המגזר החרדי) לבחור במסגרות מעורבות. בית המשפט העליון אף הדגיש כי חלק מהציבור החרדי לא יוכל לרכוש השכלה גבוהה שלא בהפרדה. ביחס למניעה של מרצות מללמד גברים חרדים נקבע כי מדובר בפגיעה חוקתית מוצקה הפוגעת בכבודן של אותן מרצות, על בסיס הבחנה שאיננה רלבנטית לצורכי לימוד והוראה.
בג"צ אישר הפרדה מגדרית לחרדים באקדמיה אולם הורה במקביל כי אסור למנוע מנשים להרצות במסלולי לימוד לגברים