שופטי בג"ץ מודעים להרג ולהרס אשר הטרור כנגד המדינה ואזרחיה גורר אחריו, ומכיר בצורך להגן על המדינה ואזרחיה מפני פגיעתו הקשה של הטרור. ידיעה זו מקשה עליהם כשופטים. אולם, קיום הוראות המשפט הוא מרכיב בביטחון הלאומי. כך ציין הנשיא א. ברק, בקבלו חלקית את עתירתם של כפרים ערביים, כנגד צווי התפיסה שהוצאו לצורך הקמת גדר ההפרדה. לטענתם, הצווים אינם כדין, ויש לבטלם או לשנות את התוואי בו עוברת גדר ההפרדה. הפגיעה של הצווים בעותרים, לטענתם, הינה קשה וכבדה מנשוא. מעל ארבעים ושניים אלף דונם של אדמותיהם נפגעים.
