בית המשפט העליון דחה את טענת העותרת כי אמנה פועלת למען רווח וכי מטרותיה (עידוד ההתיישבות) אינה מטרה ציבורית המצדיקה תמיכה כספית. ביחס לאחרון נקבע כי סיוע לציבור רחב של מתיישבים במקומות שונים ופיתוח ההתיישבות בארץ מהוות מטרות בעלות אופי ציבורי מובהק. בית המשפט העליון, בין היתר, הקיש מסעיף 9(2)(ב) לפקודת מס הכנסה, המגדיר "מטרה ציבורית" כ"מטרה שענינה דת, תרבות, חינוך, עידוד התיישבות, מדע, בריאות, סעד או ספורט...".
נדחתה עתירת שלום עכשיו לעצירת כספי תמיכה שמעבירות מועצות מקומיות באיו"ש ל "אמנה – תנועת ההתיישבות של גוש אמונים"