במסגרת התוכנית ניתנו הטבות כלכליות לערים שלפחות 80% מתושביהם אינם יהודים. אליבא דבית המשפט העליון ההחלטה התקבלה לאחר שקילת שיקולים שוויוניים, ענייניים וסבירים בהתחשב בבעיות הייחודיות המאפיינות את החברה הערבית בישראל והרצון לצמצום הפערים בין החברה הערבית ליתר החברה הישראלית.
נדחתה עתירת עיריית לוד בעניין אפליית הערים המעורבות בתוכנית החומש למגזר הערבי