שיקולים מרכזים בפסיקת בית המשפט העליון היה הריסון הרב שעל בתי המשפט לנהוג בהם בכל הקשור להתערבות בשיקול הדעת של היועץ המשפטי לממשלה והחלטות בעניין הקמת ועדת חקירה. עם זאת הוסיף בית המשפט העליון את הדברים הבאים (השופט עמית): "הגם שדחינו את העתירות, אין לכחד כי שורה של תמיהות הנוגעות לתהליך קבלת ההחלטות בפרשת כלי השיט עדיין מרחפת כחשרת עבים ממעל. ראוי כי הדברים ייבחנו וייבדקו. אנו תקווה כי כך ייעשה, ועד אז נותיר את הדברים למשפטו של הציבור".
בג"ץ דחה את העתירות להקמת ועדת חקירה בפרשת הצוללות ולהורות ליועץ המשפטי לממשלה לפתוח בחקירה פלילית בפרשת המניות נגד ח"כ נתניהו